グローバル定義とか使っちゃってるけどね。もっと上手い方法があるといいなあ。
viewDidLoadとかで

{
//略
//警告画面の表示(warning～はグローバル定義)
warningViewController = [[WarningViewController alloc] initWithNibName:@"WarningViewController" bundle:nil];
//スプラッシュ画面表示ウエイト(2秒)
[NSThread sleepForTimeInterval:2];
[self.view addSubview:warningViewController.view];
//警告画面表示タイマー(5秒)
[NSTimer scheduledTimerWithTimeInterval:5 target:self selector:@selector(warningErase:) userInfo:nil repeats:NO];
}

消す処理は別モジュール。

- (void)warningErase:(NSTimer *)timer {
[warningViewController.view removeFromSuperview];
}

一例として。